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Die Bewohner von Mayotte votierten 2009 zu 95%, Teil Frankreichs zu bleiben. 2011 soll nun die Insel ein französisches Departement werden. Politiker der Komoren beschuldigen Frankreich, eine kolonialistische Politik zu betreiben. Wegen des höheren Lebensstandards versuchen viele Einwohner der anderen Inseln, illegal nach Mayotte zu immigrieren.   
Die Insel Mayotte mit 187.000 Einwohnern und seit 1841 eine französische Gebietskörperschaft, hat sich nun in einem Referendum mit 95,2% für eine Zugehörigkeit zu Frankreich entschieden, und wird somit das 101. Départment und von 2011 an Teil der EU, mit Anspruch auf Sozialleistungen und Regionalhilfen. Die Menschen erhoffen sich verbesserte Lebensbedingungen. Die unabhängigen Komoreninseln jedoch erheben Anspruch auf Mayotte.
Der Anführer der Rebellenregierung in Anjouan, Colonel Mohammed Bacar, hat sich mit einigen Anhänger auf die Insel Mayotte, die französisches Territorium ist, entkommen. Trotz Forderungen der Zentralregierung, die Verantwortlichen für den Putsch auszuliefern, wurden sie mit einer französischen Maschine nach Réunion geflogen. Die Zentralregierung will eine Interimregierung auf Anjouan einsetzen und später neue Wahlen durchführen.
Mit Unterstützung durch Einheiten der Afrikanischen Union haben etwa 600 Soldaten der Zentralregierung ohne großen Widerstand die Hauptstadt und den Flughafen der Insel Anjouan eingenommen. Wo sich Col Mohammed Bacar, dessen Wahl zum Präsidenten der Insel letztes Jahr als illegal erklärt wurde, aufhält, ist unbekannt.
Bereits vor dem geplanten Einsatz der AU-Truppe hat es bei Zusammenstößen zwischen der Armee und Rebellentruppen auf der Insel Anjouan mehrere Tote gegeben.
Mit einem Mandat der Afrikanischen Union wollen Tansania, Senegal, Libya und Sudan der Zentralregierung Truppen zur Verfügung stellen, um die Rebellion auf der Insel Anjouan zu beenden. Die Insel wählte im Juni 2007 eine eigene Regierung ohne Zustimmung der Zentralregierung. Frankreich will die Kinder von Flüchtlingen auf die 70 km entfernte Insel Mayotte, die unter französischer Verwaltung steht, nicht als französische Staatsbürger anerkennen.
Die Afrikanische Union hat gegen die Autoritäten der Insel Anjouan Sanktionen wie Reiseverbote und das Einfrieren von Konten verhängt. Wegen Unregelmäßigkeiten bei den Wahlen vor vier Monaten hatte die AU Neuwahlen auf der Insel verlangt.
Präsident Ahmed Abdallah Mohamed Sambi hat die UN gebeten, in der politischen Krise der Inselgruppe zu vermitteln. das Problem der bewaffneten Rebellion auf Anjouan konnte auch durch die Afrikanische Union nicht gelöst werden.
Paramilitärische Einheiten und Armee lieferten sich Gefechte auf der Insel Anjouan. Anhänger des ehemaligen Präsidenten Mohamed Bacar hatten Regierungsbüros angegriffen.
Nach vorläufigen Zählungen ist der islamische Prediger Ahmed Abdallah Mohamed Sambi Gewinner der Präsidentsschaftswahlen, die von 800 Soldaten der Afrikanischen Union überwacht wurden. Er wird wegen seines Studiums im Iran 'Ayatollah' genannt und konnte sich gegen zwei säkulare, pro-französische Kanidaten durchsetzen. Es ist der erste friedliche Machtwechsel seit der Unabhängigkeit vor 30 Jahren.
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