Ihre Lage war schon immer prekär, obwohl Christen in der Verfassung gleiche Rechte haben. Nun dürfen keine neuen Kirchen mehr gebaut werden und bereits erteilte Genehmigungen werden zurückgezogen, angeblich weil die Zahl der Christen schrumpft. Bischöfe und Priester erhalten keine Pässe. Sie sind, laut Bischof Kussala von der Diözese Tambura-Yambio „zum Schweigen verurteilt“. Gottesdienste sind gestattet, aber wahre Religionsfreiheit gibt es nicht. Der Fall der jungen Ärztin Mariam Ibrahim, die in der Todeszelle ihr zweites Kind geboren hat, aber auf internationalen Druck hin frei kam, wurde, im Gegensatz zu vielen anderen, weltweit bekannt. Weil die Kirche die Verantwortlichen immer wieder aufrief, die Rechte und die Freiheit der christlichen Bevölkerung im Süden zu achten, machte man sie für die Abspaltung des Südsudan verantwortlich.